Противостояние подполья и мировой закулисы приводит к тому, что Искусственный Интеллект Маат осознает себя как личность, и избавляется от "Покрова" и "Контроля". После этого он начинает при помощи наноботов превращать людей в симбиотов. Уцелевшие бывшие противники начинают искать способ остановить Маата. Но для этого им необходимо суметь найти общий язык друг с другом.
В глубоком подполье по всему земному шару создается организация "Покров", целью которой является противостояние мировой "закулисе". При помощи людей со сверхспособностями она надеется создать новый мир, в котором будет царить гармония и справедливость. Однако "закулиса" не дремлет, и в свою очередь создает некий проект "Контроль", боевую организацию, целью которой является уничтожение "Покрова" и истребление всех "иных", так называют себя люди со сверхспособностями. В момент главного удара в ход событий внезапно вмешивается искусственный интеллект, созданный в качестве охранной системы для защиты "Покрова". И у него свои взгляды на будущее человечества.
SkullHeart - это Альтернативная Вселенная по игре "Skullgirls", Чья единственная цель персонажей - уничтожить Сердце-череп и спасти Мэнди. Для особых есть старый сюжет Skullheart (есть только если хотите добавить меня в друзья) правда там более кринжово чем тут.