Действие книги начинается в конце 21 века, спустя несколько лет после того, как пандемия металлической болезни Астеи парализовала мир и разделила историю человечества на «до» и «после». Болезнь поразила 91% человечества, обратив бесчисленное множество людей в черный пепел, а вместе с ними стерев большинство стран и городов. Юный Нао Анвил, 16 лет, живет с матерью и приемной сестрой в Токио, одном из городов бывшей Японии, в котором жизнь процветает уже два года благодаря программе «перезагрузки человечества». Нао – скромный студент-отличник, и его жизнь была обычной до момента, пока на его глазах не произошла первая за последние пару лет трагедия в Токио. Вскоре, путь назад, к беззаботной студенческой жизни Нао будет отрезан и ему предстоит окунуться в закулисье так называемой «перезагрузки человечества», чтобы выжить и спасти любимых.
Это мир постапокалипсиса, в котором от загадочной металлической болезни Астеи погиб 91% человечества, а выжившие 9% обосновались на территории бывшей Японии. Урожай Душ — вторая часть Генома Греха, где героям предстоит изучить новые грани общей реальности и не только. По всей территории бывшей Японии начинают появляться бреши, ведущие во внешнюю реальность — некое чистилище душ — обреченный, разрушенный и лишающий всякой воли мир. Кто же смог так сильно пожелать выбраться оттуда, и какова будет цена за очередное нарушение мирового баланса? Бреши раздирают не только территорию бывшей Японии, но и материк, завеса загадок которого приоткроется уже скоро.