После жертвы Кевина Флинна, обнулившего Систему, в цифровых руинах сохранился осколок кода с повреждённой памятью о его жизни внутри программы. Этого хватило, чтобы частично восстановить Клу. Сэм и Кворра, живущие в реальном мире, не подозревают об угрозе, но вскоре Сэму снова предстоит войти в Систему, чтобы остановить возрождённого врага.