2499 год. Конфедерацию терранов сотрясает мятеж "Сынов Корхала". То тут, то там вспыхивают мелкие очаги восстания, которые жестко подавляют все военные силы Конфедерации. И вот, на Чау Саре, была засечена мелкая группировка повстанцев. Их уничтожение-задача сверсекретного отряда "Призраков", "Искоренителей". Однако кто-то смотрит за всем происходящем из тени. Что-то нависло над занятыми междоусобными войнами терранми. Кто же плотоядно, презрительно и заинтересовано смотрит из тени, выжидая?
Война охватывает сектор Копрулу и идет своим разрушительным маршем по планетам. Тарсонис, столица Конфедерации, пал. На пепле и руинах прежнего порядка рождается Доминион терранов. Зерги сеют ужас, смерть и хаос везде, где только могут. Протоссы тоже не сидят без дела. Настоящая война за сектор начинается. Но что предпримет недавно созданный Альянс, объединивший представителей всех трех рас в одно целое? Изменится ли история сектора? Или же Амун одержит вверх в первом же противостоянии?
Победа! Сверхразум, глава Роя зергов, убит. Однако нет победы без жертв. Великий Вершитель Тассадар отдал свою жизнь ради победы, протаранив своим кораблем врага. Теперь Иладриусу предстоит столкнуться с ответными ходами Амуна. Но и с союзниками возникают проблемы. Артанис и Зератул настаивают на том, чтобы покинуть Айур. Устав от потерь и войны, они хотят мира, не понимая, что теперь никто не удерживает церебралов Роя от нападений на разные миры. И лишь немногие понимают истинную ситуацию.
Прошло несколько дней с тех пор, как Улрезаж с помощью Алана Шезара сбежал с Шакураса. Теперь темный тамплиер спрятался где-то в космосе, а объединённый отряд обоих народов должен выследить его и вернуть под трибунал, чтобы неразим ответил за свои преступления. Это должно стать отличным подспорьем для нового этапа объедения протоссов Шакураса под одним флагом и сплочение двух враждебных по отношению друг к другу народов. И первым испытанием станет испытание Тьмой.
Три года сектор Копрулу приходил в себя после вторжения Роя и последующей Войны Стай. Доминион и протоссы Шакураса медленно восстанавливаются, но старые шрамы заживают медленно. А Рой набирает сил, стремясь вновь стать доминирующей силой в секторе. Этого опасаются многие, ища защиты у таинственной организации, известной по слухам как Орден. Однако у кое-кого свои планы на будущее.
Новая война -лишь вопрос времени. Копрулу не может быть спокойным место, раз Зел'Нага выбрали его для своих экспериментов. Тем более у самых разных существ появляется всё больше вопросов о том, что же их ждет и какие силы пока что скрываются, из тени наблюдая за происходящим. Орден, Доминион, Дэлаамский Протекторат, Рой Керриган и прочие -всем им придется бороться за свое будущее. Тем более взаимные претензии и нанесенные обиды никуда не делись, а значит война точно будет. Значит будет хаос!