В Конохе кто-то убивает шиноби так, что всё выглядит как несчастный случай. Неджи Хьюга замечает едва различимые «тени» в чакра-системе жертв, но его предупреждения игнорируют. Он начинает своё расследование и выходит на след организации «Кайрос», чьи убийцы используют запрещённые мутации, чтобы стравить кланы. Каждый новый шаг Неджи открывает ему не только тайны врага, но и шокирующую правду о собственной семье, крови и предательстве внутри клана Хьюга. Всё, во что он верил, становится оружием против него самого.