Смерть Третьего от рук Орочимару (который согласно этому АУ остался в Конохе), произошедшая ранее, чем в каноне, развязывает цепь драматических событий, которые коснутся многих жителей Деревни Листа. А клан Хьюга ищет сторонников, чтобы воспользоваться междуцарствием и захватить власть. Время начала повествования совпадает со временем начала манги.