О сносках

В связи с тем, что вторая часть "Бумажного Тигра", долго и мучительно рождавшаяся, все-таки родилась и проходит последнюю (клянусь! последнюю!) правку, желаю поинтересоваться, как благородные доны справляются со сносками в выложенных на АТ больших текстах?

Правила требуют разбивки на фрагменты по 100 кб, но при этом, если вставлять по кусочкам, все сноски в тексте таинственным образом пропадают. В других текстах я бы с этим смирился, но в "Тигре" сносок почти три сотни, причем многие важны и влияют на восприятие сюжета. Но как тогда? Если я загружу текст единым fb2-файлом, он не разобьется на куски нужного размера, так ведь? А если буду загружать по кускам - вновь пропадут сноски. Я не понимаю какого-то очевидного решения или есть нюансы?